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desenho-metodologico

Skill2 starsChanged 49 days agoMITView on GitHub

Gera figura de desenho metodológico de artigo científico (graphical abstract, study design schematic, methods overview) em SVG vetorial, com exportação para PNG 300 dpi e PDF via Chrome headless, sem depender de cairo, Inkscape ou Illustrator. Extrai os números do próprio manuscrito, declara cada um como constante rastreável, monta o layout em faixas ou colunas, renderiza e inspeciona a imagem antes de entregar. Use SEMPRE que o usuário pedir "/desenho-metodologico", "faz a figura de metodologia", "monta o graphical abstract", "figura de desenho do estudo", "study design figure", "infográfico do artigo", "figura que resume o método", "diagrama de ponta a ponta do estudo", "flowchart do estudo", "figura de fluxo do paper", ou mandar um manuscrito pedindo uma imagem que consolide base, variáveis, metodologia e avaliação. Acionar também quando alguém disser que a figura do artigo está pobre, confusa ou que precisa de versão em paisagem ou retrato. NÃO confundir com /paper-png (figura ilustrativa a partir do conteúdo de um paper, em PNG raster), /infografico (estilo colorido do laboratório) nem /artigo (escreve o texto do manuscrito).

  • Installs packages

The file

We split this skill into the rules it gives an agent

1 rule. About 0 are common, 0 are distinctive, and 1 is very specific to this project.

  • ≈0

    Common · estimate

    Many files like this have a rule of this kind.

  • ≈0

    Distinctive · estimate

    This author's own choices. Worth a look.

  • 1

    Very specific

    Tied to their project's names, files or tools. Probably skip.

  • Common
  • Distinctive
  • Very specific
  1. Very specific:

    Use min_h nos cartões para forçar a altura exata e fechar a coluna no ponto certo.

    line 86

≈ “Common” is an estimate: at least 1 in 5 of the 350,495 skill files we read have a rule of the same kind, not the same words. “Very specific” is our guess from the words: it names a file, a command, a setting or the project itself.

Keep what fits and drop the rest. Your version, ready for your agents.
Files
SKILL.md

/desenho-metodologico: figura de desenho de estudo pronta para submissão

Uma figura de metodologia boa não é decoração. Ela é o único lugar do artigo onde um revisor consegue, em quinze segundos, entender o que entrou, o que foi feito e o que saiu. Se ele precisa voltar ao texto para entender a figura, a figura falhou.

Princípio-mãe: todo número da figura tem que existir no manuscrito. Nada de arredondar, nada de inventar rótulo, nada de "aproximadamente". Se o texto diz 5.745, a figura diz 5.745. Se a figura precisa de um número que o texto não tem, o número não entra: vira pergunta para o autor.


O nome certo

Quem pede costuma não saber o nome, e chega falando "quase um infográfico". Os termos corretos:

TermoQuando se usa
Graphical abstractfigura de capa da submissão, formato largo, resume o artigo inteiro
Study design schematicfigura de métodos dentro do corpo do artigo
Methods overview figuresinônimo do anterior, comum em revistas de informática médica
Study flow diagramsó o fluxo de elegibilidade e exclusão, no espírito do CONSORT e do STROBE

Diga o nome ao usuário. Ele quase sempre vai precisar dele para conversar com a revista.


Passo 1: extrair os números antes de desenhar

Leia o manuscrito e o material suplementar. Monte a lista do que a figura precisa carregar e, para cada item, anote de onde veio (tabela, seção, linha). Nunca desenhe a partir da memória do que leu.

Números que quase sempre entram numa figura de estudo preditivo:

  • tamanho da coorte, período, critério de elegibilidade e o n depois de cada corte
  • número de centros ou hospitais, e o n de cada um
  • desfechos e a prevalência de cada um
  • número de preditores, agrupados por natureza clínica
  • estratégia de partição, imputação e harmonização
  • algoritmos, método de tuning, número de ajustes
  • métrica primária, métricas secundárias
  • volume de experimentos (quantos modelos, quantas comparações)
  • hipóteses e o veredito de cada uma

Confira a aritmética. Se a soma dos n por centro tem que dar o N total, escreva o assert no gerador. Erro de soma numa figura publicada vira erratum.

Passo 2: gerar por script, nunca desenhar à mão

Copie "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/figkit.py" para a pasta de figuras do projeto e escreva um gerador em cima dele, usando "${CLAUDE_SKILL_DIR}/templates/build_figure.template.py" como ponto de partida.

Motivo: quando o autor mudar um número (e ele vai mudar), a correção é uma linha e um reexport. Figura desenhada no Illustrator apodrece na primeira revisão.

Estrutura de arquivos que funciona:

figures/
  figkit.py                    primitivas, paleta, Canvas
  figure_data.py               os números, um por constante, com a fonte no comentário
  build_figure.py              layout retrato
  build_figure_landscape.py    layout paisagem
  export.sh                    SVG para PNG e PDF

Separar os dados do layout é o que garante que a versão retrato e a paisagem nunca divirjam num número.

Passo 3: layout

Duas formas, e a escolha depende do destino:

Retrato, faixas horizontais. Cinco a seis faixas numeradas, leitura de cima para baixo. É a forma natural de figura de página inteira no corpo do artigo. Sequência que funciona: coorte, preditores e preparação, treinamento, o desenho experimental, avaliação e resultados.

Paisagem, colunas. Três colunas, leitura de cima para baixo e depois da esquerda para a direita, com régua vertical fina separando. É a forma de graphical abstract, slide e pôster.

Entregue as duas quando não souber o destino. Custa quase nada se os dados estiverem separados do layout, e evita uma rodada inteira de ida e volta.

Regra dura: não deixar espaço em branco

Todas as colunas terminam na mesma altura. Toda faixa ocupa a largura toda. Coluna que acaba antes e deixa um bloco vazio embaixo é entrega incompleta, não escolha de design. Revisor lê como descuido, e o autor lê como conteúdo faltando.

Como fechar de verdade:

  1. Defina TOP e BOTTOM no topo do script e registre onde cada coluna terminou.
  2. Ao final, verifique com assert e falhe se a folga passar da tolerância. O template já traz isso pronto.
  3. Se sobrar folga, redistribua conteúdo entre as colunas ou aumente o elemento que merece destaque. Não resolva só abrindo espaçamento entre blocos, porque continua parecendo vazio.
  4. Use min_h nos cartões para forçar a altura exata e fechar a coluna no ponto certo.

O elemento que merece crescer é o que carrega o conceito do artigo. Num estudo de transfer NxN, é a matriz fonte por alvo. Num ensaio, é o fluxo de randomização. Dê espaço a ele antes de dar espaço a texto.

Passo 4: tipografia e cor

Tamanho de fonte. O que importa é a razão entre o corpo e a largura da tela, não o número de unidades. Para largura impressa de 180 mm:

Corpo desejadoUnidades numa tela de 1000 de largura
5 pt (piso da Nature)9,8
6 pt11,8
7 pt (preferência de várias revistas)13,7

Declare no cabeçalho do script a que ponto o corpo corresponde na largura alvo, e diga isso ao usuário na entrega. Se a revista exigir 7 pt e o conteúdo não couber, a saída é quebrar em duas figuras, não encolher a fonte em silêncio.

Cor. Use Okabe-Ito, que é segura para as formas comuns de daltonismo. O figkit já traz a paleta. Escolha cores com luminâncias diferentes o bastante para a figura sobreviver à impressão em preto e branco, e não dependa só do matiz para distinguir categorias: acrescente rótulo, posição ou traço.

Cor tem semântica. Verde para o que funcionou, vermelho e laranja para o que não funcionou, âmbar para o resultado fraco, azul para o neutro ou informativo. Não use vermelho num resultado que é apenas nuançado: isso faz o leitor ler fracasso onde o autor tem achado. Se um resultado depende do nível de análise, rotule os dois níveis e use cor neutra.

Passo 5: renderizar e olhar

Você não sabe se a figura está certa até ver a imagem. Estouro de texto, sobreposição e corte não aparecem no código. Todo layout hand-coded erra na primeira tentativa.

O ciclo é: gerar SVG, exportar PNG, abrir o PNG e olhar, corrigir, repetir. Duas ou três rodadas é normal. Faça recortes das regiões densas quando a imagem inteira ficar pequena demais para julgar.

O que sempre quebra:

  • rótulo de cabeçalho de tabela colando no seguinte
  • valor numérico encostando na barra quando o valor é o máximo da escala
  • nota longa vazando da caixa que a contém
  • legenda estourando para fora da coluna
  • último item de um painel passando da borda de baixo

Passo 6: exportar

"${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/export.sh" usa o Chrome headless que já está instalado. Sem cairo, sem Inkscape, sem pip install. Ele lê largura e altura do próprio SVG, então mudar o tamanho da figura não exige mexer no script de conversão.

Entregue três formatos: SVG (editável), PDF (vetorial, é o que a revista quer) e PNG a 300 dpi (para e-mail, slide e preview).


Regras

Número medido ou nada. Se o manuscrito não traz o número, ele não entra na figura. Pergunte ao autor.

Aritmética conferida por assert. Soma de subgrupos, total de experimentos, contagem de células. Escreva a verificação no gerador.

Nenhum espaço em branco. Colunas fecham na mesma altura, verificado por assert.

A figura não pode contradizer o texto. Se o manuscrito diz que uma hipótese não foi sustentada, a figura não diz que foi. Quando o autor pedir um veredito mais forte do que o texto sustenta, diga isso em uma ou duas frases, ofereça a versão que resolve o problema de leitura sem falsear o resultado, e deixe a decisão com ele.

Olhe a imagem antes de entregar. Nunca declare pronto sem ter inspecionado o PNG renderizado.

Português correto e sem pontuação decorativa na conversa e nos comentários do código. O conteúdo da figura segue o idioma do manuscrito, que quase sempre é inglês.


Entrega

  1. Os arquivos, nos três formatos, e o gerador.
  2. Onde cada número foi conferido.
  3. O ponto tipográfico efetivo na largura alvo, e o que fazer se a revista exigir mais.
  4. O que ficou de fora e por quê.

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