医学论文出图与写作编排

按固定顺序调用 medfig 出图技能和医学写作技能，每个阶段完成后停下等作者确认；统一项目目录，用 PROJECT.md 记录每个阶段的状态和当前产物。本技能只做编排、建目录和维护状态表，不自己画图或写正文。

必读材料

用 Read 完整读取 项目目录约定 和 跨阶段一致性防线。各阶段的具体做法以被调用技能的 SKILL.md 为准，本技能不覆盖它们的规则。

阶段顺序

• 代码接收与整理在阶段 0 内按 references/code-intake.md 执行；无代码可整理时在备注写“代码整理：不适用”。
• 图注在 Results 之前：Results 技能读图注，图注技能不读 Results。
• Discussion 的前置是硬门槛：medical-sci-discussion 在 Methods、图注、Results、Introduction 任一缺失或为 未开始/进行中/需返工 时拒绝起草，作者坚持也不跳过。
• Abstract 在 Discussion 后面：medical-sci-abstract 要求 Methods、图注、Results、Introduction、Discussion 五类正文完整；任一缺失、实质占位或为 未开始/进行中/需返工 时停止，不交付暂定初稿。流水线正常推进要求 5–9 已确认。
• 开题（medical-research-plan）和实验（medimg-experiment）不在编排内，由作者单独调用；第 0 步只检查它们的产物。实验 study 与外部代码由第 0 步的代码接收与整理子流程核验并登记。
• 已授权自适应 study 的关键事件同步按 实验状态衔接 更新当前计划、总索引与 PROJECT 目录/变更记录；不新增实验阶段行，不重复索取授权内方法修订的作者确认。训练及其预算、审查和测试门仍归 medimg-experiment。
• 第 2 步只在规格中有示意图或架构图时进行；没有就在状态表写“不适用”。

工作流程

1. 定位项目：从工作目录或用户给的路径向上找 PROJECT.md。
   • 没有：确认项目名和项目根位置后，按约定第 1 节建目录骨架和 PROJECT.md、04_manuscript/作者决定.md、空的 口径表.md 与 _process/冲突台账.md（格式见防线第 2、4 节）。已有材料散落在别处时，先列出“旧路径 → 新路径”的迁移清单请作者确认，确认后复制（不移动、不删除原目录），并在 PROJECT.md 目录说明中记下原路径。
   • 有：读状态表，核对表中“当前产物”路径都存在；不一致时先报告，不往下做。
2. 确定本次阶段：作者点名阶段时直接用；只说“下一步”时取状态表中第一个未确认的阶段。检查前置条件，不满足时说明缺什么，建议先做哪一步；作者坚持跳过时在备注栏记下。
3. 入口检查（阶段 0）：确认 00_plan/ 有研究计划或作者给的研究问题说明，01_analysis/ 有结果资产或指向外部仓库的 README。缺了就告诉作者，不代写。代码与结果尚未整理时，按 references/code-intake.md 执行代码接收与整理（读思路 → 盘点 → 整理方案 → 作者确认 → 拷贝整理 → 登记）；无代码可整理时在备注写“代码整理：不适用”。已有 study 只核验登记，不能套用来源代码的复制/重命名；读当前有效证据及最终冻结状态，不能把最新尝试当作最终结果。
4. 调用阶段技能：阶段 5（Methods）、8（Introduction）、9（Discussion）都须把项目根 PROJECT.md 的“写作目标”小节原文及项目根路径交给被调技能；缺少时明确传入通用缺省：全稿 55、Introduction ≥20（综述层 ≥10）、Discussion ≥20、Methods ≥15，并在报告中说明。作者可随时修改登记值；Methods 配额仅用于全稿统计，不给 Methods 技能增加数量规则。配额是软门槛，检索穷尽仍不足时如实报告实际 vs 目标、缺口及检索主题，请作者提供或确认，不凑数、不因此停工。统计和核验表约定见 引用配额与统计。 用 Skill 调用该阶段的技能，把项目约定下的材料路径和输出路径一并交给它；按该技能自己的流程做完，包括它要求的确认节点。
5. 收尾：核对产物落在约定目录、文件名正确；被替换的旧版已按约定第 2 节归档；过程文件在 _process/<阶段>/。运行 python -X utf8 scripts/consistency_check.py <项目根>（防线第 5 节；禁用别名、关键计数、疑似丢失小数点，以及各节/全稿已核验引用统计与配额缺口），命中项在本阶段修掉或登记到 _process/冲突台账.md；本阶段的写作技能还会各自运行 scripts/manuscript_check.py <章节> …，其 ERROR 清零、WARN 已说明后才能收尾。把被调用技能核查说明中的新冲突并入台账（防线第 4 节）。把状态表该行更新为 待确认，写入当前产物、版本和备注。
6. 关口裁决与汇报：报告本阶段产物路径、一致性检查结果、台账中本阶段新增的 待裁决 条目（逐条列 ID、双方原文与建议），以及下一阶段及其前置条件。作者逐条裁决后，先改上游文件，再改本阶段，同步 口径表.md 和 作者决定.md（防线第 6 节）。待裁决 清零（或作者标 暂缓）后才能把状态改为 已确认；作者要求返工时改为 需返工 并回到第 4 步。

作者说“连续跑到 X”时，阶段之间不再停下。局部来源待查时保留该处原文及双语，继续独立部分；真正需要作者动作的问题按共同证据缺口归组。涉及主要结论的冲突或失败阻断受影响交付，不以其余检查通过绕过。

规则

• 一次只推进一个阶段，除非作者明确要求连续跑。
• 不改被调用技能的规则；它们与本约定冲突时，以被调用技能的硬性要求为准（如 medfig-orchestrate 台账留在 02_figures/docs/_process/、medfig-outline 输出必须在 medfig 项目根之外），并在 PROJECT.md 备注中说明。
• 作者裁决写入 04_manuscript/作者决定.md 的对应节（约定第 4 节）；涉及术语、量的定义或计数的裁决同时写入 口径表.md。
• 材料冲突按防线第 1 节的权威顺序取舍：代码与回执 > source.json 数值与 definitions > 成图图面 > Methods > 详细图注 > 大纲与规格叙述 > 下游成稿。
• 上游阶段返工（如重出某张图）后，把依赖它的下游阶段改为 需返工，并在汇报中列出受影响的阶段。
• 实验事件改变当前有效证据时，按依赖标记受影响的出图、写作、引用及第13步投稿材料 需返工；同步不授权重画或改写，也不自动授予论文阶段“已确认”。
• 不删除任何文件；替换一律先归档。不修改技能目录或全局配置。
• 第 3 阶段出图前，装有 research-wiki 技能时，提醒被调用的 medfig 技能先查知识库模板（medfig-render 已含此步）；本技能不自己查、不自己画。

结构编辑与双语收尾

第11步默认按 medical-sci-finalize 的结构编辑契约执行，同章节内可有据合句、去重和重排；核对科学范围与整稿叙事分别留证。源码/候选版本绑定、逐项对应和实质问题处置不可用词频通过替代。旧严格比较入口仅用于兼容，不用其原句/限定词频和±10%限制否决新路径的有据编辑。

篇幅由作者、期刊及证据量决定，不设通用最低词数；明确篇幅限制见篇幅配置。文献配额仍为软目标，不为达标增加段落或逐篇比较。

英文结构变化后同步对应ZH及已有EN_ZH，整组归档；局部未解决范围保留原文。更新后的章节及依赖它的组装/引用核对重新验收，不能沿用原稿作者确认。第11步变化使第12/13步需重核的既有规则继续适用。重要未完成分析科学披露；内部审批和版本流水留过程记录。

第12步参考文献

第11步作者确认后运行 medical-sci-references：只收集主稿引用到 Zotero，生成原生字段版新版本主稿；第12行先待确认，作者 Word Refresh 验收后才能已确认。计划下一阶段时，11已确认且12未确认就取12；旧PROJECT缺12行时补“未开始”，不得把不存在的阶段视为已完成。

第11步重新组装或上游返工影响主稿时，第12行置“需返工”。字段版主稿由 check_references.py 验收；check_finalize.py 的“无References/纯文本引用标识集合一致”断言在第12步之后不再适用，不改 finalize 脚本。Zotero 由作者保持运行，探测连续3次失败（间隔5秒）则记录连接待办并继续离线准备，不启动、重启或关闭 Zotero。

第13步期刊适配与投稿材料准备

12 已确认且 13 未确认时，“下一步”取 13，调用 medical-sci-submission；准备完成先 待确认。旧 PROJECT 缺 13 行补 未开始，不视为已完成；缺 12 时先按第12步约定补齐。可用 scripts/submission_state.py PROJECT.md 输出迁移文本供核对保存，脚本不覆盖原文件。独立 DOCX 适配直接用 medical-sci-submission，不要求先建流水线或补写 Methods/Results。

源稿保持在 05_final/；新版本材料在 06_submission/<journal>/<version>/，过程/核查在 _process/Submission/<date>_<version>/，作者决定追加 04_manuscript/作者决定.md 的 ## Submission。交付目录不放原始证据、同意书、私有作者材料或日志。旧版保留，不覆盖。

第 11/12 步重做或上游变更影响主稿/引用时，13 需重核或重建并置 需返工；第 11 步影响 12 的规则仍适用。submission_state.py --changed-stage N 只辅助 12/13 的有界传播，不替代其他阶段依赖管理。第 13 步常规排版不使已确认的上游科学工作失效。事实缺失或官方指南不可用仍可交草稿，必须列待办；材料作者批准与 Word/Zotero Refresh 验收分开记录，文件存在、模型声明和校验通过都不能自动写 已确认。本阶段只准备材料，不发送或投稿。

交付前检查

• 散文分号链 0 处（同句 ≥2 个散文分号为 ERROR，结构性分号豁免）；目标平均 18–28 词/句，一般 ≤45 词、硬上限 60 词，>45 词占比 >10% 为 WARN；无连续 ≥3 个 <8 词短句的电报体连跑；WARN 已逐条说明。连接词按逻辑需要使用，不连续三句以上以同一个连接词或短语开头；按各阶段技能 journal-style 的「句长、分号与衔接」复核。