scholar-skill 使用说明

本技能用于完成"从研究方向到调研报告/项目申请书"的完整科研工作流。核心流程固定为五步，按顺序执行：

1. 解析研究方向并提炼关键词
2. 按数据库构造高级检索式（检索式格式因库而异，先读对应参考文件）
3. 执行检索（运行 scripts/ 中的脚本）
4. 阅读与总结文献（筛选、精读、做笔记）
5. 撰写交付物（调研报告 / 项目申请书 / SCI 论文，基于 assets/ 对应工作流的模板）

1. 提炼关键词

从用户给出的研究方向中提取 2~5 组关键词，每组包含：核心概念、方法/技术、数据/对象、应用场景。中英文均需生成，并补充同义词、上下位词与常用缩写。

示例：研究方向"机器学习在肠道微生物组研究中的应用"。

关键词的作用是构造每个数据库的检索式，而非把整段研究描述直接塞给每个数据库。

2. 构造各数据库检索式

不同数据库的高级检索语法差异很大，在构造某个数据库的检索式之前，必须读取 references/文献调研/ 中对应的语法文件，按其中的字段标签、布尔运算符、通配符与示例编写。对应关系如下：

检索式构造原则：

• 生物医学方向：pubmed 必查，europepmc 建议同时查。
• 计算机/交叉学科方向：arxiv 必查。
• 需要跨学科、快速补全：同时用 openalex 与 crossref。
• google_scholar 作为补充；其无官方 API、易触发反爬，失败时不要阻塞流程，改用 openalex/crossref 补全。
• 检索式过宽或过窄时，根据结果数量调整：零结果则放宽（减少 AND 条件、去掉小众同义词）；结果过多则收紧（加引号短语、限定年份、限定字段）。

3. 执行检索

统一入口为 scripts/search_papers.py（Python 3.10+，仅用标准库；Google Scholar 需可选安装 scholarly）。常用命令：

# 同一个查询串检索多个数据库
python scripts/search_papers.py --query "gut microbiome AND machine learning" --databases pubmed arxiv europepmc openalex crossref --max-results 10

# 每个数据库使用不同的高级检索式（推荐）：写一个 config.json
python scripts/search_papers.py --config search_config.json --format markdown

search_config.json 示例：

{
  "pubmed": "\"gut microbiome\"[tiab] AND (\"machine learning\"[tiab] OR \"deep learning\"[tiab]) AND 2020:2026[dp]",
  "arxiv": "cat:q-bio.QM AND (abs:\"gut microbiome\" AND abs:\"machine learning\")",
  "europepmc": "TITLE:\"gut microbiome\" AND ABSTRACT:\"machine learning\""
}

可直接复制 scripts/search_config.example.json 作为起点。

常用参数：--max-results N（每库条数）、--since YYYY（年份过滤）、--format json|markdown、--output 文件路径、--sort year（按年份倒序）、--no-dedupe（关闭跨库去重）。执行后读取输出，将结果按需汇入后续文档。

需要下载全文精读时：

# 按 arXiv ID 或 URL 或 DOI 下载 PDF
python scripts/download_paper.py --arxiv 2401.01234 --outdir papers/
python scripts/download_paper.py --url https://example.com/paper.pdf --outdir papers/
python scripts/download_paper.py --doi 10.1000/xyz123 --outdir papers/

4. 阅读与总结文献

1. 先读检索结果中的标题与摘要，剔除无关文献，按主题聚类。
2. 对进入精读范围的文献：有全文链接时下载 PDF；本机装有 PDF 处理能力（如 pdf 技能）时直接解析文本，否则用摘要与开放获取全文网页。
3. 逐篇填写 assets/文献调研/文献阅读笔记模板.md，记录研究问题、方法、数据、主要发现、局限及其与本项目的关系。
4. 阅读过程中记录与研究空白、可借鉴方法、可引用结论相关的素材，供调研报告和申请书使用。

5. 撰写调研报告

使用 assets/文献调研/调研报告模板.md 作为骨架，生成结构化 Markdown 调研报告。要求：

• 检索策略透明：列出数据库、检索式、时间范围、各库命中数。
• 现状综述按主题分类，每类给出代表性文献与证据强度。
• 关键文献要有深度解读，不能只罗列标题。
• 分析研究空白与机会，并与用户的研究方向/申请书目标挂钩。
• 参考文献列表规范（GB/T 7714 或目标期刊格式），正文中标注引用序号。

6. 撰写项目申请书

根据目标基金选择模板与参考材料：

撰写时：

• 先读对应参考文件了解评审要点与结构，再按模板逐节填写。
• 立项依据/研究现状部分必须与文献调研结果一致，引用真实检索到的文献。
• 创新点、考核指标、研究方案要具体可评估；避免空泛表述与夸大。
• 摘要与关键词放在最后精修，严格符合字数限制。
• 用户未提供个人信息（简历、经费等）时，用占位符标注并提示用户补充。

7. 撰写 SCI 论文

按以下流程撰写完整 SCI 论文（Nature/Science/Cell/Microbiome/ISME Journal 等通用）：

1. 确定目标期刊，读取 references/论文写作/期刊投稿指南/<期刊>.md（若有）；无论有无本地文件，都联网核对官网最新投稿指南，把差异更新回该期刊文件；没有对应文件时新建。
2. 读 references/论文写作/sci-paper-writing.md，理解各分节的通用写作逻辑（标题/作者与单位/摘要/引言/材料方法/结果/讨论/结论/参考文献/正文图表/附件图表）。
3. 用 assets/论文写作/SCI论文模板.md 组织全文，逐节填写：
   • 标题页：题目、作者与单位、共同第一作者 † 与共同通讯作者 * 标注、通讯邮箱；
   • 摘要（一段式或结构化，按期刊）；引言（漏斗结构）；材料与方法（可复现性）；结果（按图组织）；讨论；结论；参考文献；
   • 正文图/表 caption（首句结论性标题 + 方法要点）与附件图/表 caption（Fig. S1、Table S1，完整同规格）。
4. 按期刊差异调整格式：字数、章节编号（如 Microbiome 的 Background/Methods/Results/Discussion/Conclusions）、摘要类型、参考文献样式（编号制或作者-年份制）、补充材料形式（Supplementary / Extended Data / Additional files）。
5. 交叉核对：正文引用与参考文献一一对应；图表编号连续；数据/代码可用性与伦理声明齐全；语言与术语统一。

8. 交付规范

• 默认交付 Markdown 文件，保存到用户指定目录；未指定时保存到当前工作目录。
• 文件名使用"主题+文档类型+日期"，如 肠道微生物组机器学习-调研报告-2026-08-05.md。
• 引用格式保持一致；DOI 与链接必须可点击、真实。
• 报告/申请书完成后，简要列出：检索了哪些库、共获得/采用多少篇文献、哪些章节需要用户补充信息。

资源索引

scholar-skill/
├── SKILL.md                          # 技能入口与工作流
├── agents/openai.yaml                # 界面元数据
├── scripts/                          # 检索与下载脚本
│   ├── search_papers.py
│   ├── download_paper.py
│   ├── search_config.example.json
│   └── requirements.txt
├── references/
│   ├── 文献调研/                     # 各数据库高级检索语法
│   │   ├── pubmed.md
│   │   ├── arxiv.md
│   │   ├── europepmc.md
│   │   ├── openalex.md
│   │   ├── crossref.md
│   │   └── google_scholar.md
│   ├── 基金写作/                     # 基金申报指南
│   │   ├── 国自然面上项目.md
│   │   └── 国家重点研发项目.md
│   └── 论文写作/
│       ├── sci-paper-writing.md      # SCI 论文分节写作逻辑
│       └── 期刊投稿指南/             # nature / science / cell / microbiome / isme-journal
└── assets/
    ├── 文献调研/                     # 调研报告、文献阅读笔记模板
    ├── 基金写作/                     # 国自然、重点研发申请书模板
    └── 论文写作/                     # SCI 论文模板

文献调研工作流：references/文献调研/（构造检索式前必读）+ scripts/（执行检索与下载）+ assets/文献调研/（调研报告、阅读笔记模板）。

基金写作工作流：references/基金写作/（申报指南）+ assets/基金写作/（申请书模板）。

SCI 论文写作工作流：references/论文写作/sci-paper-writing.md（分节逻辑）+ references/论文写作/期刊投稿指南/（按期刊读取，缺期刊时联网核对官网后新增同名文件）+ assets/论文写作/SCI论文模板.md。