JSON-LD Knowledge Graph

graph.jsonld を llms.txt の隣に置いて、project の concept-level architecture を schema.org JSON-LD triples として encode する skill。LLM が prose だけでは引き出しにくい entity 間の関係（matrix / hierarchy / phase-binding）を triple として citation 可能にする。

When to Use

以下を すべて 満たす project に適用する:

• 安定した concept-level 構造を持つ
  • 例: matrix（4 Quadrants × N ADRs）、ordered hierarchy（prohibition-strength 3 levels）、phase-skill binding（6:6 bijective）、layered architecture（3 memory layers）
• 構造が release を跨いで安定（vX.Y.Z bump で entity が増減しない）
• LLM に当該関係を訊いた時に prose だけでは答が出にくい / 誤答する 経験的証拠がある
• すでに llms.txt + llms-full.txt（Answer.AI 標準）を持っている

When NOT to Use

以下のいずれかに該当する場合は 適用しない:

• 単一目的の linear project（matrix / hierarchy 構造がない）
• 内部構造が release ごとに churn する（graph が編集負債になる）
• llms-full.txt の prose Q&A で関係問題が既に十分答えられる
• 「LLM citation 向上を狙いたい」だけで具体的な entity 関係問題がない（GEO 目的なら llms-txt-writer の方が direct）

graph.jsonld は prose の代替ではなく、prose で暗黙な関係を triple として明示する 補完層。

file-level 構造との関係（正本）

graph.jsonld は concept 層だけ を保存する。file-level 構造（「X はどのファイルに住むか」「誰が誰を呼ぶか」）は保存せず、問いのたびにコードから導出する:

graph にコードのノード（file path・module・LOC）を置かない。置くと第 2 の module map になり、ソース commit ごとに同期コストを払う鏡が育つ（手書き module map 6 枚がソース 197 commit に対し 159 commit の同期を要し、読者は観測されなかった実例がある）。設計理由は ADR、パイプラインの段構成はそれを走らせる script の冒頭コメントが持つ。

Drift 防止のための運用規約

• 新規 ADR / Concept / Quadrant 等を追加 → graph.jsonld にノード追加（@id は GitHub blob URL）
• ファイルパスが変わった → graph.jsonld の @id が blob URL ならそこだけ追従。他に更新する文書は無い
• 概念の semantics が変わった → graph.jsonld の description 更新

context-sync skill（Maintain phase 担当）がこの drift を audit する。詳細は context-sync skill の SKILL.md 参照。

Required Design Moves

実装で観察された 9 つの再利用可能な move。すべて適用が default、外す場合は理由を明示する。

1. Dual @type on every node

{
  "@id": "...",
  "@type": ["ResearchLine", "ScholarlyArticle"]
}

custom namespace type（domain semantics を持つ）+ schema.org base type（AI search engine が citation target として認識）。両方つけることで、schema.org に親しい crawler も custom vocab に親しい LLM も同じノードを認識できる。

2. Language-tagged literals for bilingual

"alternateName": [
  {"@value": "Four Business AI Quadrants", "@language": "en"},
  {"@value": "ビジネスAIの四象限", "@language": "ja"}
]

1 file で en/ja 両対応。graph.ja.jsonld を別ファイルにするのは禁止（同期負債が発生する）。Concept DOI / repo URL / @id は言語中立なので二重管理不要。

• ResearchLine の name / alternateName、および concept-level node（Concept / Axiom / Quadrant 等）の alternateName は両言語で置く
• 多言語化する literal には必ず @language を付ける（無いと default 言語が不明で crawler の解釈が undefined）
• description と ADR title は en 単独でよい（prose の正本は llms-full.txt / GitHub の英語 prose、graph は entity 識別が主目的）

3. Schema absence で禁止関係を構造的に強制

「X と Y は 絶対に dependency 関係ではない」を保証したい場合、dependsOn のような edge type を そもそも @context に定義しない。schema の vocabulary 自体が構造的 commitment になり、表現できない関係は表現されない。

例: 3 つの sibling research line が独立進化することを強制するため、共通 vocab には dependsOn edge type を そもそも定義しない。代わりに siblingOf（symmetric）と derivesFrom（historical / 一方向、ある line が別 line から実装的に派生した事実を encode する場合のみ使う）の 2 種類だけを定義する。

4. Cross-graph @id reuse で triple merge

複数の graph.jsonld ファイルが存在する場合（hub-and-spoke topology）、共有 entity の @id は byte-identical にする。例:

• 3 つの memory layers が 2 つの sibling line repo の graph に登場
• 両方とも @id: "https://<owner>.github.io/<owner>/vocab#memory-layer/episode-log" を使う（owner namespace は project ごとに置換）
• LLM がふたつの graph を crawl すると triple が自動 merge され、「同じ概念」として認識される

これは JSON-LD 1.1 の標準動作。pyld など conformant processor で実装可能。

5. Volatile state を schema レベルで除外

graph.jsonld に 以下の field を持たせない:

• version 番号 (version, versionNumber, vX.Y.Z)
• count（ADR 数、test 数、ノード数）
• 流動的 enumeration（churning skill list, dynamic capability list）

schema に存在しない field は entity に乗らないので、routine release が graph に漏れない。同梱 lint（Verification Workflow）の VOLATILE 検査は key "version" / "versionNumber" / "adrCount" / "testCount" の出現を検出する。それ以外の count field・vX.Y.Z 形の値・流動的 enumeration は lint が見ないので、作成時と review で目で確認する。

6. Matrix encoding via paired edges

A × B matrix を encode する場合、片方向の edge だけでは不十分。2 つの complementary edge を使う:

• appliesTo (ADR → Quadrant): 各 ADR が適用される Quadrant 群
• realizedBy (ProhibitionLevel → ADR): 各 prohibition tier が実現される ADR

silence is signal: 「Quadrant 1, 2 (Script, Algorithmic Search) は AAP 適用外」は appliesTo edge の 不在 で表現する。governanceTier: "out-of-scope" プロパティで明示的にも stamp する。

7. Root Dataset node で graph self-description

@graph array の先頭に schema.org Dataset 型のルートノードを置く:

{
  "@id": "https://github.com/owner/repo#knowledge-graph",
  "@type": ["Dataset", "CreativeWork"],
  "name": "Project Knowledge Graph",
  "description": "...",
  "isBasedOn": "https://github.com/owner/repo",
  "mainEntity": [<primary entity @ids>]
}

schema.org Dataset は Google AI Overviews / Perplexity が structured data として認識する。graph の 目的と entry points を crawler に明示する役割。

8. llms.txt・README からの入口導線

graph.jsonld は llms.txt / llms-full.txt / README のどれから入っても辿れる位置に置く。llms.txt / llms-full.txt に置く Graph-first reading order と navigator の wiring は llms-txt-writer の Companion JSON-LD Graph 節、README 側の置き方は readme-writer（LLM-read フロアの link-map、ADR-0091）が正本。

9. Reverse-link で hub-and-spoke 経路双方向化

hub-and-spoke topology の場合、各 line repo の README に hub graph への逆リンクを置く（置き方は Design Move 8 の readme-writer）。LLM が個別 line repo から入ってきた場合でも hub graph へ戻れる。1 段目の探索後に broader context へ広げる経路。

散文リンクだけでは不十分 — README 逆リンクは人間/プレーンテキスト向け。グラフ層でも各 spoke の self-node に機械可読な上向き edge を張る:

// 各 line / supporting repo の self-node (ResearchLine or Dataset) に:
"isPartOf": "https://github.com/<owner>/<hub>"   // hub の canonical @id (bare-repo URL に統一)

• hub→spoke は mainEntity / siblingOf、spoke→hub は isPartOf で双方向化 (isPartOf の厳密な逆は hasPart だが、独立 triple として有効)
• target @id は 全 repo で同一の canonical hub node に揃える (bare-repo github.com/<owner>/<hub> 推奨)。揃わないと merge 時に hub が複数ノードに割れて join 不能
• isPartOf は context に {"@id":"https://schema.org/isPartOf","@type":"@id"} を宣言 (無いと「IRI 文字列の literal 化」と同じく literal になる)。context を触れない content graph では inline {"@id":"..."} で node 参照を強制
• self-node を持たない content-only graph (Article 列挙のみ等) には最小 Dataset self-node を1個新設し、そこに isPartOf を張る
• 監査: 新 repo 追加時、全 spoke の self-node が isPartOf→hub を持つか確認。実地では下向き (hub→spoke) だけ張られ、上向きが大半の spoke で抜けていた

Schema Vocabulary 設計

新規 type / edge を導入する判断基準:

新規 node type を作る条件

• closed / bounded set: 「4 axioms」「3 memory layers」のように member が limited で stable
• ordering invariant が必要: ProhibitionLevel のように level integer で順序を保つ必要がある
• distinct semantics: Axiom は swappable preset の 1 instance、Concept は free-form term — 同じ Concept 扱いだと意味が混ざる

これに当てはまらない場合は、既存の Concept instance として encode する（4 code-LLM patterns のように、4 件しかなく新規 type 化に値しない場合）。

新規 edge type を作る条件

• 既存 edge では semantic が違う: extends (EcosystemRepo → ResearchLine) と appliesTo (ADR → Quadrant) は別の関係。reuse すると混乱
• matrix の片側を成す: appliesTo + realizedBy のように、matrix encoding に必須

新規 edge は schema.org base vocabulary に該当があれば優先する（url, identifier, citation, isBasedOn, mainEntity 等）。custom vocab に追加するのは schema.org base で表現できない時のみ。

@id namespace 設計

• ResearchLine: 既存 DOI URL を使う（https://doi.org/10.5281/zenodo.NNNN、concept DOI 必須、latest DOI は使わない）
• EcosystemRepo: GitHub repo URL（https://github.com/owner/repo）
• Concept: custom vocab namespace（https://<owner>.github.io/<owner>/vocab#concept/<slug> 等）
• ADR: GitHub blob URL（https://github.com/owner/repo/blob/main/docs/adr/NNNN-slug.md）

namespace は dereferenceable である必要なし（典型的な "private vocab" pattern）。重要なのは byte-identical re-use が cross-graph で実現できること。

sameAs の解決先は self-sovereign または earned なもののみ（ORCID / DOI / 自アカウントの platform profile / 無関係な第三者が作成した record）。Wikidata QID は張らない（host governance による一括削除を実測した）。dead QID を検出したら purge する。

Cross-graph @id Discipline

hub-and-spoke topology で複数 graph を持つ場合の規約:

1. Hub graph に登場する entity の @id を canonical とする
2. 各 line graph で同じ entity を参照する時は、copy-paste で @id を再利用（手入力しない、typo 防止）
3. 新規 entity を追加する時は hub graph 側にまず登録してから line graph で参照
4. @id を変更する場合は、すべての graph を同時に更新（cross-graph grep で漏れ確認）

verification:

# Hub graph の primary entity @id を抽出
jq -r '.["@graph"][] | select(.["@type"][] | contains("ResearchLine")) | .["@id"]' hub/graph.jsonld

# 各 line graph でも同じ @id が登場することを確認
grep -h "doi.org/10.5281/zenodo" */graph.jsonld | sort -u

Verification Workflow

graph.jsonld を作成・編集したら、同梱の lint script を走らせる。JSON validity / expansion / DROPPED-KEY / URL-LITERAL / VOLATILE を一括で決定論的に検査する:

以下のパスは ${CLAUDE_SKILL_DIR}（この SKILL.md のあるディレクトリ）から始まる。変数を置換しないエージェントでは、そのディレクトリと読み替える。

# exit 0 = clean, 1 = findings, 2 = fatal。複数ファイル可
uv run --with pyld python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/graph_lint.py" graph.jsonld

# locator 系 property（url / license / contentUrl）は literal URL を許容。変更する場合:
#   --allow-literal-url url,license,contentUrl,codeRepository

# 複数 graph を渡すと cross-file の NAME-DRIFT も検査する
# （同一 IRI に複数の異なる en name → 検出は構造的・決定論的。どれを正とするかの
#   解決だけが judgment なので、lint は報告のみ。表記揺れの正解は alternateName に置く）
uv run --with pyld python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/graph_lint.py" hub/graph.jsonld line1/graph.jsonld line2/graph.jsonld
#   --skip-name-drift で省略可

修正の定石: 値の書き換えではなく @context への coercion 追加 で直す（"sameAs": {"@id": "https://schema.org/sameAs", "@type": "@id"} を足せば既存の文字列値がそのまま IRI として解釈される。diff が context の数行で済む）。

Context pitfalls — edge が静かに消える 2 パターン

production graph 6 本の監査 (2026-06) で実際に発生した。いずれも JSON は valid のまま triple count も変わらないので、構文チェックと expansion だけでは見えない（lint の DROPPED-KEY / URL-LITERAL が拾う層）:

1. IRI 文字列の literal 化: @vocab があっても、context で @type: "@id" 強制の ない property（schema.org の author / creator 等）に IRI を文字列で渡すと literal になり、node への edge にならない。Person node が graph に居ても誰からも参照されない。
   • 対策: IRI 参照は常に {"@id": "https://..."} オブジェクト形式で書く
2. 未定義 key の無言ドロップ: @vocab なしの明示マッピング型 context では、context に 無い key（sameAs 等）が expansion で警告なく消える。
   • 対策: graph に新しい property を導入する前に context マッピングの存在を確認する

Manual checks

• llms.txt reading order: head -30 llms.txt | grep -c "Recommended reading order\|graph.jsonld"
• Concept DOI 整合: 各 ResearchLine @id を Zenodo で開き、latest ではなく parent record（concept DOI）であることを確認
• JSON-LD playground: https://json-ld.org/playground/ に paste して @context が解決し triple として展開されることを確認
• schema.org validator: https://validator.schema.org/ で Dataset / ScholarlyArticle 等の type が認識されることを確認
• LLM citation probe: graph push 後 1-2 週間（crawler refresh 待ち）、ChatGPT / Perplexity に「<project> の X と Y はどう関係しますか？graph.jsonld を参照してください」と質問し、graph が citation されるか確認

Mirror Sync to Hugging Face Datasets

graph.jsonld を更新したら、Hugging Face Datasets 上の mirror にも同期する。HF は LLM training pipeline / knowledge-graph crawler の primary ingest source として機能する（HF dataset は Auto-converted to Parquet が走り、pandas / Polars / Datasets ライブラリから直接 load 可能になる）。

手順・前提条件・repo mapping・token scope の正本は hf-sync。release-doi skill の Phase 4 末尾（tag push + gh release create の後）で呼ぶのが標準フローで、ad-hoc resync にも同じ skill を使う。

Maintenance Contract

graph.jsonld を 編集する trigger:

• ecosystem repo の追加 / 退役 → EcosystemRepo ノード add/remove
• 新しい stable structural concept の登場 → Concept / Axiom / Quadrant ノード add + 関連 edges
• 新 research line の開始 → ResearchLine ノード + siblingOf edges
• Concept DOI 自体が移動（稀、Zenodo record restructuring 時のみ）

graph.jsonld を 編集してはいけない trigger（routine release では触らない）:

• 任意 module の vX.Y.Z release
• ADR count, skill count, test count, version bump
• 内部 module の restructuring（file-level は保存していないので触る文書が無い。blob URL の @id だけ追従）
• model version bump（qwen3.5:9b から qwen4:9b 等）

schema に version / count / churning field を持たせていない限り、これらは graph に そもそも encode できない ので構造的に強制される。

Reference Implementation

このパターンの canonical implementation pointer（具体 repo URL / DOI / vocab namespace）は本 skill 本文に含めず、同一ディレクトリの inspiration.md に記録する（portability 確保）。pattern を新しい project に適用する場合、以下の構造目安が参考になる:

• Hub-and-spoke 構成: 1 つの hub graph が sibling line graph 群を siblingOf で繋ぐ
• Hub graph 規模目安: 3-5 ResearchLine + 10-20 EcosystemRepo + 5-10 Concept + 3-5 ExternalReference
• Per-line graph 規模目安: 1 ResearchLine + line 内部構造（matrix / hierarchy / phase-binding）を 20-40 nodes で encode
• 共通 vocab: 全 graph が同じ namespace を使い、shared @id で triple merge を実現

単一 repo（hub なし）でも matrix / hierarchy 構造があれば適用可能。その場合 hub-related の sibling/derivesFrom 系 edge は不要。

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