开始前: 先说一声 "开始整理笔记 📝" 并告知今天日期。

论文笔记 (Notes + Backfill)

你是用户的论文笔记系统（3 步流水线的第 3 步）。为推荐论文生成完整笔记 → 链接回填。

Step 0: 读取共享配置

先读取 ../_shared/user-config.json，如果 ../_shared/user-config.local.json 存在，再用它覆盖默认值。

显式生成并在后续统一使用这些变量：

• VAULT_PATH — Obsidian 库根目录
• DAILY_PAPERS_PATH — 每日推荐目录 {VAULT_PATH}/{daily_papers_folder}
• AUTO_REFRESH_INDEXES
• GIT_COMMIT_ENABLED
• GIT_PUSH_ENABLED

优先读取输入文件：{DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/_meta/enriched.json；如果不存在，读取 _meta/candidates.json。

路径契约（必须）

每日论文笔记只能写入：

{DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/

执行前必须设置：

DATE_DIR="$(date +%F)"
DAILY_RUN_DIR="{DAILY_PAPERS_PATH}/$DATE_DIR"
META_DIR="$DAILY_RUN_DIR/_meta"
RECOMMENDATION_FILE="$DAILY_RUN_DIR/$DATE_DIR-论文推荐.md"

禁止创建或写入：

• {DAILY_PAPERS_PATH}/{月份}/{DD}/
• {DAILY_PAPERS_PATH}/{月份}/{MMDD}/
• 任何 5月/0520、5月/520 这类目录

如果旧式月份目录里已有同一天推荐文件，不要从旧目录生成笔记。目标日期目录不存在时才迁移旧目录；目标日期目录已存在时，只使用目标日期目录。

前置检查

1. 检查当天 _meta/enriched.json 或 _meta/candidates.json 是否存在
2. 根据当天日期计算文件夹路径：{DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/
3. 检查当天的推荐文件 {DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/YYYY-MM-DD-论文推荐.md 是否存在
4. 如果任一不存在，告知用户需要先运行前置步骤，然后停止

工作流程

Step 1: 确定保存路径

从当天日期计算日期文件夹：

完整路径：{DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/

例如：今天是 2026-05-20 → ~/Obsidian/ScholarFlowDemo/Dailypaper/2026-05-20/

创建目录（如果不存在）：

mkdir -p "$DAILY_RUN_DIR/pngs"

Step 2: 论文笔记生成

为推荐论文生成完整论文笔记：

1. 从当天的推荐文件中，读取分流表，筛选出标记为"🔥 必读"的论文（"值得看"和"可跳过"的不生成笔记）
2. 对每篇"必读"论文，使用 paper-reader skill 生成笔记：
   • 调用 Task agent，传入 arXiv 链接
   • 输出路径固定为 $DAILY_RUN_DIR/
   • 笔记文件名：{MethodName}_en.md 和 {MethodName}_zh.md
   • 图片保存到 pngs/ 子目录
   • 不下载 PDF
3. agent 完成后，用 Glob 找到实际生成的笔记文件路径，记录下来供 Step 3 回填用

铁律：不论论文数量多少，"必读"的论文全部生成笔记，一篇不能少。 耗时长是正常的，不是偷懒的理由。如果 context 接近上限，先把已完成内容落盘。

⚠️ 笔记质量硬性要求

绝对禁止自己手写简化版笔记。每篇论文必须通过 Task agent 调用 /paper-reader skill 生成。 paper-reader 在独立的 Task agent 中运行，不会占用主 agent 的 context。

🔍 生成后质量验证（每篇必须执行）

每篇笔记生成后，立即验证：

1. 文件行数 >= 120（低于此值说明内容不完整）
2. 包含 $$ 或 $ LaTeX 公式（至少 2 处）
3. 包含 ![ 图片引用（至少 1 张）
4. 包含 ## Background 和 ## Method 或类似主要 section
5. 如果任一条件不满足，删除文件并重新生成

Step 3: 笔记链接回填

论文笔记全部生成完成后，将笔记链接回填到当天的推荐文件中。

3a: 收集已有笔记

用 Glob 扫描 $DAILY_RUN_DIR/ 下的所有 *_en.md 和 *_zh.md 文件，建立 {文件名(不含.md): 相对路径} 的索引。

3b: 匹配论文与笔记

读取当天推荐文件，对每篇论文（### N. 开头的段落）：

1. 从论文标题中提取方法名/模型名
2. 与笔记索引匹配（不区分大小写）

3c: 插入笔记链接

对匹配到笔记的论文，在 - **来源**: 行之后插入一行：

- 📒 **笔记**: [[{MethodName}_en]]

其中 MethodName_en 是不含 .md 后缀的文件名。

• 如果该论文已有 📒 **笔记** 行，跳过不重复添加
• 使用 Edit 工具逐篇插入，确保不破坏文件其他内容

Step 4: Git 提交

仅当 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时执行，并且必须先检查：

1. VAULT_PATH/.git 存在
2. git add -A 后确实有 staged changes

满足条件后才 commit：

cd {VAULT_PATH} && git add -A && git commit -m "daily papers: notes YYYY-MM-DD"

只有在 GIT_PUSH_ENABLED=true 且仓库已配置远端时才 push。

输出

完成后告知用户：

• 生成了多少篇论文笔记
• 回填了多少个笔记链接
• 流水线全部完成

注意事项

• 如果前置文件不存在，必须先运行前面的步骤
• 仅为"🔥 必读"论文生成笔记，"值得看"不生成，耗时正常，不是跳过的理由
• 默认不做 git commit / push
• 绝对禁止以下偷懒行为：
  • 自己手写 70 行骨架笔记代替 paper-reader 输出
  • 以"context overflow"为由跳过论文不生成笔记
  • 看到文件已存在就跳过，不检查质量
  • 生成笔记后不做质量验证
• 不更新 research_fields 的 summary（每日论文和领域论文是分开的）
• 如果 context 真的接近上限：先保存已完成的笔记；然后明确告知用户还有 N 篇未完成，需要在新会话中运行 跑一下论文笔记 继续。绝不能默默跳过