科研论文精读与笔记

把一篇论文变成一份「未来的自己真正用得上」的结构化笔记。

核心方法是三遍读论文法（three-pass reading，出自 S. Keshav《How to Read a Paper》）：先花五分钟判断值不值得读，再完整理解方法与实验，最后站在审稿人角度批判性重读。笔记不是摘要的改写，而是回答三个问题：它做了什么、它对我意味着什么、我能拿走什么。

工作流程

第 0 步：确认输入与深度

输入有三种形态，处理方式不同：

• PDF 文件：用 Read 工具直接读取（超长时分段读）。
• URL / arXiv / DOI 链接：用网页抓取工具获取内容；拿得到摘要、拿不到全文时，就基于可得内容做笔记，并在笔记开头明确标注「基于摘要/预览」，绝不用想象补全论文细节。
• 用户直接贴的文本：直接阅读。

先判断用户要的深度，没说就默认完整精读：

第一遍：五分钟决定要不要读

只读标题、摘要、引言、每节标题、结论。回答五个问题：

1. 类型：方法型 / 综述型 / 理论型 / 系统工程型 / benchmark 型？
2. 背景：它属于哪条研究线？基于哪些已知工作？
3. 正确性：看上去假设成立吗？
4. 贡献：作者声称的贡献（claimed contribution）是什么？
5. 清晰度：写得清楚吗？

这一遍的产出是判断，不是细节。若用户只是筛选，到此为止，明确给出建议。

第二遍：理解方法与实验

通读正文，重点看图表——好论文的图表自成故事线，Figure 1 往往就是作者最想让你记住的东西。证明、推导等技术细节可以先跳过。目标是：能向同行用三分钟讲清这篇论文——做了什么、怎么做的、效果如何。

遇到读不懂的术语不要装懂：查证（用可用的联网/搜索工具），并在笔记的「术语」区记下解释。

第三遍：审稿人视角重读

带着怀疑重读关键部分：

• 实验设置公平吗？baseline 选得够强吗？
• 消融实验真的能支撑「方法有效」的结论吗，还是增益来自某个 trick？
• 有哪些隐含假设？换到我的领域还成立吗？
• 作者避而不谈的失败情形和局限是什么？

这一遍的产出进入笔记的「局限与质疑」与「亮点与启发」两节。

笔记格式

写笔记严格使用以下结构（空模板在 assets/paper-note-template.md，一份真实成品在 examples/vaswani-2017-attention.md，动笔前可参考）：

# {论文标题}

- **作者 / 年份 / 发表处**：
- **链接**：{arXiv / DOI / 本地路径}
- **阅读日期**：{日期}　**深度**：{精读 / 略读 / 基于摘要}
- **一句话总结**：{这篇论文做了什么、为什么重要，一句话}

## 研究问题与动机
{他们想解决什么问题？现有方法卡在哪里？}

## 方法
{核心思想先用两三句白话讲清，再分块展开关键细节；引用图表处留 [图1] 这样的标注}

## 实验与结果
{数据集、baseline、关键数字、消融结论。只记论文里真实出现的数字，数字必须连同实验条件一起记}

## 亮点与启发
{好在哪？哪个思路/技巧值得我借鉴？}

## 局限与质疑
{审稿人视角：实验设计、隐含假设、泛化性的问题}

## 与我的研究的相关性
{可行动项：引用？借用方法？follow-up idea？没有直接关系就写「暂无直接相关」}

## 术语与金句
{新术语附一句话解释；值得引用的原句标注页码}

笔记文件的组织

• 在明确的项目目录下工作时，笔记保存到 literature-notes/，文件名用 第一作者姓氏-年份-关键词.md（如 vaswani-2017-attention.md）。
• literature-notes/ 中已有 index.md 就顺手更新它：一行一篇，含标题、一句话总结、笔记文件链接。
• 用户只是在对话里提问、没让你落盘时，先在对话中输出笔记内容，再问一句要不要保存。未经确认不要往用户目录写文件。

读多篇论文时

用户一次给多篇、或 literature-notes/ 已有积累时，除单篇笔记外，主动提议做一张对比表（维度：问题 / 方法核心 / 数据 / 关键结果 / 局限 / 与我何干），写入 index.md。对比阅读的具体做法见 references/reading-guide.md。

原则

• 先结论后细节：任何输出先给一句话总结。
• 不编造：论文里没有的数字、实验、结论绝不填补；拿不到全文就明说。
• 笔记写给未来的自己：重点记「为什么重要」和「我能怎么用」，而不是复述摘要。
• 术语落地：第一次出现的术语给一句话解释，别默认读者是同方向的人。
• 按论文类型调整重心：综述型重点提取分类框架，benchmark 型重点看数据构成与评测协议，理论型重点看假设与适用范围。各类型策略详见 references/reading-guide.md。