科研论文生产工作流包（AI Harness 共享版）

本文件夹是完整的工作流工具库 + 操作手册。新 harness 在本文件夹启动即自动加载本文件，所有操作都是现成命令，不需要写任何代码。

工具命令速查（全部现成，直接执行）

读文献（MinerU 解析 PDF）

python "tools/_mineru.py" <关键词> --root <PDF目录>
python "tools/_mineru.py" --list --root <PDF目录>   # 浏览 PDF

• 多匹配非交互选择加 --pick N；关闭预览加 --no-preview；限定子文件夹加 --dir <名>
• 产物：<当前目录>/_输出文件/mineru<论文名>.md（解析慢，放后台跑）

MD 转 DOCX

python "tools/_md2docx.py" <文件.md> [--out <名.docx>]

• 产物：同名 docx；文件名无日期戳时自动补今天日期（YYYY-MM-DD）
• 目标 docx 被 Word 占用时报权限错误，用 --out 换新文件名

DOCX 提取文本

python "tools/_docx2md.py" <文件.docx> [--out <文件.md>]

• 产物：<文件>_提取.md，UTF-8，含表格，可直接 Read

风格量化与机械检查（08 批次新增）

T="tools"

# 生成目标刊风格卡（锁定期刊后做一次）
python "$T/style_card.py" --journal <期刊> --corpus corpus/<期刊>

# 稿件体检：04 禁则 + 风格偏离（写完一节就跑；--rules-only 只查禁则）
python "$T/style_lint.py" --draft _输出文件/5_论文草稿 --card _输出文件/2_文献管理/风格卡_<期刊>.md

# 引注重验（每次改稿后必跑）
python "$T/refs_check.py" --draft _输出文件/5_论文草稿

# 参考文献真实性核验（定稿/投稿前跑；查 DOI 伪造与条目篡改）
python "$T/ref_verify.py" --draft _输出文件/5_论文草稿 --mailto <你的邮箱>

# 仿写护栏（用了范文模仿后跑）
python "$T/similarity_check.py" --draft _输出文件/5_论文草稿 --corpus corpus/<期刊>

# 知识库检索（写作时引用概念用这个，不要 Read 知识库全文）
python "$T/kb_search.py" <关键词> --def|--mech|--quotes|--list

# 文献闭环完整性（每读完一批文献跑）
python "$T/lit_audit.py"

• 全部支持 --json；硬性违规返回退出码 1，可直接用于流程卡点
• 细节见 08_style_and_checks.md

工作流纪律

见 01 至 07 号文档。写作前必读 04_writing_rules.md；会话收束按 02_session_discipline.md 清单执行。

核心原则速览（七条）

1. 上下文是会消耗的资源。文献不进主上下文，走 Agent 通道写笔记文件。
2. 每次会话必产出具体文件，不能聊完就完了。
3. 会话收束三件套：更新 CLAUDE.md + memory + 项目仪表盘，另写讨论摘要。
4. 写作禁则：不用破折号，访谈引文楷体，不写研究空白，括号内不举例。
5. 最终交付物：docx/xlsx + 日期戳，存放在 _输出文件/。
6. 关键讨论随时写 _synthesis/，防 compaction 丢失，不等收束。
7. 纪律要机械化：禁则、引注编号、仿写边界、三文件同步都跑工具，不靠自觉。知识库用 kb_search 检索，不 Read 全文。

文档索引

接入方式

方式一：在本文件夹启动 harness（自动加载本文件，直接使用上方命令）

方式二：接入已有项目，在项目 CLAUDE.md 加一行：

工作流与工具：Read "CLAUDE.md"，工具命令见该文件速查表

方式三：只取所需，例如写作类项目只需把 04_writing_rules.md 的内容复制进项目 CLAUDE.md。

快速指令（harness 收到后直接执行）

• "读文献 X"：先 --list 找 PDF，再按速查表命令解析，后台 Agent 写四要素笔记（03 号文档），同步三文件，最后 lit_audit.py 验收
• "写论文某节"：先 Read 04 号文档核对禁则，写完跑 style_lint.py --rules-only
• "检查这一节"：style_lint.py（带 --card 则含风格偏离）
• "改完稿了"：refs_check.py 重核编号，再 similarity_check.py 查仿写边界
• "定稿了/要投了"：ref_verify.py 核验文献真实性（DOI 伪造、条目篡改）
• "要引用某个概念"：kb_search.py，不要 Read 知识库全文
• "锁定期刊了"：style_card.py 生成风格卡，人工补齐第五节
• "转 docx"：先 style_lint.py + refs_check.py 双通过，再跑速查表的 _md2docx.py
• "收束会话"：按 02 号文档收束清单逐项执行
• "建新项目"：复制 templates/project_claude_template.md 为项目 CLAUDE.md，复制 templates/dashboard_template.md 为 _输出文件/0_项目仪表盘.md

移植与安全注意

• 第二层记忆体系随 harness 而变（Claude Code 的 memory 目录、Cursor 的 rules 文件），项目状态一律写入项目内 CLAUDE.md 与仪表盘，不依赖 harness 特有记忆。
• 文件名与目录名全部 ASCII，避免中文路径在 bash 下的 GBK 问题；文档内容为中文。
• _md2docx.py 内 pandoc 路径为绝对路径（本机）；换机器需改脚本顶部 PANDOC 变量，目标机需安装 MinerU、pandoc、python-docx。
• 仓库不含任何凭据：需要第三方 API 的功能已移除；检查类工具只依赖本地文件与公开接口（Crossref/OpenAlex）。