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科研知识工作流总入口(Zotero + Obsidian + AI 中间层):多源文献获取与精读、Obsidian 知识库维护(ingest/query/lint/体检)、科研出图(Origin)与三处归档、文档/表格/PDF 转 Markdown。当要处理文献、维护或查询知识库、出图或归档图件、读 PDF/文档/表格、任务收尾做经验总结时使用。Entry point for a Zotero + Obsidian + AI research knowledge workflow.

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SKILL.md

科研知识工作流(Zotero + Obsidian + AI)

        采集层                 AI 中间层(AI 助手)         沉淀层
┌────────────────────┐     ┌───────────────────────────┐     ┌────────────────────────┐
│ Zotero(入口)     │ 读取 │ 精读 / 出图 / 转换 / 归档 │ 写入 │ Obsidian vault(大脑) │
│ Connector·WoS·知网 │ ───→│ 按本仓库各子技能执行      │ ───→│ 卡片·概念·项目·问答    │
│ 主题 collections   │ ←───│                           │ ←───│ index·log·矛盾清单     │
└────────────────────┘  RPC └───────────────────────────┘ 回链 └────────────────────────┘
        ZCode Bridge ──┘                ↑ LabTalk/COM                └─ ZotMoov → Raw/文献PDF(只读)
                                    出图(择优)─→ PNG/PDF/TIF ─→ 三处归档
        PDF/docx/表格 ── doc-to-md ───→ Markdown ──→ AI 阅读(数值核校仍以原始文件为准)

分工:用户提供资料、提问、把关方向;AI 负责一切维护。本仓库就是 AI 的操作手册。

首次使用:先完成本机配置

  1. 把 LOCAL-CONFIG.example.md 复制为 LOCAL-CONFIG.md,与用户一起填好各项(该文件不进 git)
  2. 本仓库所有 <vault>、<项目目录>、<git-name>、<cnki-profile> 等占位符的取值,一律来自 LOCAL-CONFIG.md;AI 使用前先读它,缺失时主动询问用户
  3. 检查各软件版本,按 README.md「版本差异与兼容」与各子技能的「版本差异」节适配——Zotero 7/9、Obsidian 版本、Origin 2017 与 2021+ 的能力边界都不同

子技能路由(按任务进入对应 SKILL.md)

任务进入
Zotero 条目/分类/附件操作、多源文献获取(WoS / 知网 / OA 与文献传递)、文献入库与精读skills/zotero-ops/SKILL.md
Obsidian 知识库维护(Ingest/Query/Lint/新任务、页面与 git 规范)skills/vault-ops/SKILL.md
科研出图(Origin)与图件三处归档skills/figure-pipeline/SKILL.md
PDF/图片/Office/表格 → Markdown(读文档前必做)skills/doc-to-md/SKILL.md

路径相对本技能目录;也可把任一子目录单独装进 AI 的 skills 目录独立使用。

全局红线(每次任务都适用)

  1. 数值红线:转换 / 摘录出的文本只用于阅读;数据校核、定案值引用必须回原始文件(Excel 等)读精确值。
  2. 绘图工具:不再强制 Origin(2026-10-14 变更)——按“好用 + 出图质量”择优(Origin / Python 绘图库 / 其他均可)。
  3. 归档红线:每次出图必须三处归档——资料包原位 + <项目目录>\<项目>\图\<类型>\ + <vault>\项目\<项目>\附件\,并在试验页嵌入;同步 index/log + git。缺一不可。
  4. 经验总结红线:每个任务收尾必须做经验总结(有效做法 / 踩坑与修复 / 迁移提示),按去向分流:工具·网络·自动化坑 → AI 记忆系统;领域知识与方法论 → vault;两条都追加 log.md。
  5. git 红线:知识库提交用 git -c user.name="<git-name>" -c user.email="<git-email>" commit(取值见 LOCAL-CONFIG),不改动全局 git 配置——每台机器既有的协作身份不受影响。
  6. Raw 只读:Raw/ 层与一切原始资料绝不修改;文献 PDF 的移动/重命名一律走 Zotero(不手动)。
  7. 项目盘:新项目放空间充裕的盘(如 D:\Projects\),系统盘只放临时脚本与小文件。

版本差异总览

关键差异与完整说明见 README.md「版本差异与兼容」;各子技能内另有「版本差异」节:

  • Zotero:本地 API / Connector 需 7+;Bridge 实测于 9.0.x(7+ 理论兼容),7/8 与 9 的插件安装方式不同
  • Obsidian:Bases(.base)需 1.9+,旧版用 Dataview 或纯表格替代
  • Origin:能力边界随版本不同——2017 不能脚本化的功能在 2021+ 部分可用,以本机实测为准
  • MinerU:本仓库按 4.x 子命令式 CLI 编写(mineru parse ...)

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